Medicínsky ozón sa vyrába v špeciálnom prístroji (generátor ozónu) z bežného kyslíka. Ozónom sa nasycuje voda, fyziologický roztok, prípadne vlastná krv pacienta a následne sa môže aplikovať na kožu, do dutín, inravenózne (do žily), paravertebrálne (k vyklenutej platnične). Spôsob aplikácie záleží od konkrétneho ochorenia, ktoré chceme ovplyvniť.