A čo tak im oznámiť listom, s odvolaním sa na zmluvu, že poslednú faktúru uhradíte zníženú o tie úroky?

To by bolo najlepsie riesenie. Je dost možne, že sa ale budu tvarit, ze nie je uhradena posledna splatka v dohodnutej výške.
Takze ak to nepojde takto, tak jedine obciansko-pravnym konanim na sude. Vysledok rozhodnutia odovzdat exekutorovi.

Dôležitá je formulácia v zmluve, ako sú dohodnuté termínovo splátky a akým spôsobom bude uhradená prípadná pohľadávka vo forme penále z omeškania.
Ak máte v zmluve dohodnuté, že posledná splátka bude uhradená po kolaudácii a odovzdaní predmetu diela (bytu), doporučujem pri obdržaní faktúry na poslednú splátku, keď už budete mať byt prevzatý a budú odstránené prípadné závady a nedostatky na byte, obratom im poslať doporučene list s formuláciou o finančnom započítaní pohľadávky, kde presne vyčíslite, koľko činí penále, túto sumu odpočítate od fakturovanej čiastky a oznámite im, že im uhrádzate iba rozdiel. Doporučujem dodržať termíny splatnosti, aby prípadné meškanie s platbou nemohlo byť zo strany zhotoviteľa voči vám použité vo váš neprospech.
Pre istotu vám však doporučujem, ohľadom znenia zmluvy, poradiť sa s právnikom, hoci to ste mali urobiť pred podpisom zmluvy.