Popravde, LR má trošku iný RAW modul ako napr. Photoshop(rozdiel nie je v spracovaní formátu - ten sa deje priamo v codec-u, len v možnostiach). Ak máte k dispozícii photoshop, použite na konverziu súborov RAW modul tohto programu. Ak nie, ku každému fotoapárátu existuje vlastné CD alebo vlastný software pre konverziu RAW súborov. V prípade Nikon fotoaparátov je to CaptureNX alebo ViewNX. Ďalej odporúčam použiť najnovší camera RAW codec (pripájam url:
http://www.nikonimglib.com/nefcodec/
Vo Vašom prípade predpokladám že ide len o nesprávne nastavenie použitia vhodného farebného priestoru. T.j. pri konverzii treba použiť farebný priestor v akom to bolo nafotené (základné nastavenie fotoaparátov je sRGB).
V akom softe konvertujes z NEF do JPG?