Ak nedošlo k určeniu otcovstva súhlasným vyhlásením rodičov, môže dieťa, matka alebo muž, ktorý tvrdí, že je otcom, navrhnúť, aby otcovstvo určil súd.
Za otca sa považuje muž, ktorý s matkou dieťaťa súložil v čase, od ktorého neprešlo do narodenia dieťaťa menej ako stoosemdesiat a viac ako tristo dní, ak jeho otcovstvo nevylučujú závažné okolnosti.
Takýto postup pri zistení otcovstva prichádza do úvahy v prípade, ak nebolo určené domnienkou, svedčiacou manželovi matky, ani súhlasným vyhlásením rodičov. V prípade, ak žalobu podáva dieťa, je pasívne legitimovaný muž, o ktorom sa možno domnievať, že je otcom. Matka môže do konania vstúpiť ako vedľajší účastník. Podanie žaloby dieťaťom vyvoláva pre matku prekážku litispendencie – to znamená, že proti tomu istému mužovi nemôže podať vlastný návrh. Uvedené platí aj naopak – ak podáva návrh matka, nemôže konanie v tej istej veci proti tomu istému mužovi iniciovať dieťa. Ak návrh podá jeden z nich a ako navrhovateľ počas konania zomrie, môže ten druhý pokračovať v postavení navrhovateľa. Matka a dieťa môžu návrh podať aj spoločne v postavení nerozlučných spoločníkov proti mužovi, o ktorom sa možno domnievať, že je otcom. Pokiaľ tento muž už nežije, treba návrh podať proti opatrovníkovi, ktorého pre tento prípad ustanoví súd. Nepodáva sa však proti otcovi, zastúpenému opatrovníkom, ale len proti opatrovníkovi. Ak otec zomrie v priebehu konania, súd mu ustanoví opatrovníka. Nie je dôvod na zastavenie konania. Výnimočne môžu namiesto dieťaťa návrh podať aj jeho potomkovia, sú však povinní preukázať právny záujem na veci. Ak návrh podáva muž, ktorý o sebe tvrdí, že je otcom dieťaťa, potom návrh smeruje proti matke a dieťaťu spoločne. Ak by takýto muž podal protižalobu (po podaní návrhu matkou alebo dieťaťom) o určenie, že on je otcom dieťaťa, tak by súd mal skúmať, či nie je možnosť určiť otcovstvo súhlasným vyhlásením rodičov. Pokiaľ by došlo k určeniu otcovstva (alebo k osvojeniu dieťaťa), súd musí konanie zastaviť. Ak by určenie otcovstva súhlasným vyhlásením nebolo možné, uplatnil by súd prekážku litispendencie aj voči otcovi a konanie by zastavil. Pokiaľ by však svedčila tretia domnienka otcovstva viacerým mužom súčasne, bolo by možné, aby dieťa iniciovalo návrhom konanie o určenie otcovstva voči jednému a matka voči druhému mužovi. Nie sú ani vylúčené viaceré žaloby toho istého navrhovateľa proti viacerým mužom. V tomto prípade nie je daná prekážka veci začatej a súd by nemohol konanie začaté neskôr zastaviť. Nie je vylúčené ani spojenie veci z dôvodu hospodárnosti konania. Návrh na určenie otcovstva možno podať kedykoľvek bez obmedzenia lehotou. Zo zákona je s konaním o určenie otcovstva spojené konanie o výchove a výžive maloletého dieťaťa, ak sa určuje otcovstvo k maloletému dieťaťu. Ak podala žalobu o určenie otcovstva matka, potom dieťa nie je účastníkom konania o určenie otcovstva, ale len konania o výchove a výžive, v ktorom musí byť zastúpené opatrovníkom a nie matkou pre možnú kolíziu záujmov. Rovnako to platí pre matku, ak podá návrh dieťa. Cieľom aplikácie tejto domnienky je súdom určiť biologického otca dieťaťa. Rozhodujúcu úlohu v konaní hrá dokazovanie znaleckým posudkom. Metódy znaleckého skúmania majú medicínsky charakter a ide najmä o posudky z odboru: hematológie (tzv. krvné skúšky), gynekológie (porovnanie termínu súlože a pôrodu), sexuológie (zisťovanie schopnosti muža splodiť dieťa), genetiky, vrátane DNA diagnostiky.